Kegiatan Penelitian ditujukan untuk mencapai visi Misi dan Tujuan Universitas Muhammadiyah Jakarta. Keberadaan dan keberlangsungan penelitian merupakan hal mutlak bagi sebuah perguruan tinggi, bahkan dapat menjadi ukuran bagi kualitas dari perguruan tinggi. Undang-Undang Nomor 20 Tahun 2003 tentang Sistem Pendidikan Nasional pasal 20 (2) telah mensyaratkan bahwa Perguruan tinggi berkewajiban menyelenggarakan pendidikan, penelitian, dan pengabdian kepada masyarakat dan Undang-undang Nomor 12 Tahun 2012 tentang Pendidikan Tinggi Pasal 45 menegaskan bahwa penelitian di perguruan tinggi diarahkan untuk mengembangkan ilmu pengetahuan dan teknologi, serta meningkatkan kesejahteraan masyarakat dan daya saing bangsa. Sedangkan Peraturan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Nomor 3 Tahun 2020 tentang Standar Nasional Pendidikan Tinggi (SN Dikti) yang merupakan perubahan dari Permenristekdikti Nomor 44 Tahun 2015. SN Dikti tersebut menjadi dasar Universitas Muhammadiyah Jakarta menetapkan Standar Mutu Penelitian Universitas Muhammadiyah Jakarta yang tertuang dalam SK Rektor Nomor 322 Tahun 2020 tentang Standar Mutu Universitas Muhammadiyah Jakarta, dimana Universitas Muhammadiyah Jakarta memiliki delapan standar mutu penelitian yaitu, (1) Standar hasil penelitian, (2) Standar Isi Penelitian, (3) Standar Proses Penelitian, (4) Standar Penilaian Penelitian, (5) Standar Peneliti, (6) Standar Sarana dan Prasarana Penelitian, (7) Standar Pengelolaan Penelitian, (8) Standar Pendanaan dan Pembiayaan Penelitian.
Perguruan Tinggi Muhammadiyah dan Universitas Muhammadiayah Jakarta penelitian merupakan bagian yang tidak terpisahkan dari Catur Dharma Perguruan Tinggi Muhammadiyah. Universitas Muhammadiyah Jakarta bekerja dalam payung besar Perguruan Tinggi Muhammadiyah dan Aisyiah (PTMA) se-Indonesia Surat Keputusan Majelis Pendidikan Tinggi Penelitian dan Pengembangan (DIKTILITBANG) PP Muhammadiyah Nomor 140/KEP/I.3/D/2019 tentang Pengangkatan Pengurus Nasional Konsorsium Lembaga Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat (LPPM) PTMA. Tujuan kegiatan penelitian yang dilakukan dosen di lingkungan Universitas Muhammadiyah Jakarta senantiasa menempatkan Al-Islam dan Kemuhammadiyah serta hasil penelitian yang dilakukan sebagai implementasi Catur Dharma dituang dalam Peraturan Rektor nomor 823 tahun 2021 tentang Pedoman Integrasi Catur Dharma di Lingkungan Universitas Muhammadiyah Jakarta.
UMJ telah memiliki Rencana Strategi Penelitian sebagai perencanaan terhadap pencapaian pilar-pilar penelitian. Renstra Penelitian LPPM UMJ 2020-2025 disusun berdasarkan penyempurnaan dari Renstra Tahun 2016-2021 yang menjadi panduan dari seluruh proses akademik berdasarkan Keputusan Rektor UMJ Nomor 82 tahun 2020 tentang Renstra penelitian Universitas Muhammadiyah Jakarta Tahun 2021-2025. Topik dan Peta Jalan Penelitian secara umum topik dan peta jalan penelitian selama kurun waktu 2016-2019 meliputi tiga periode. Periode pertama tahun 2016-2018, hasil penelitian difokuskan pada bidang perencanaan dan pengembangan lembaga, termasuk pada penelitian-penelitian yang luarannya teknologi tepat guna. Periode kedua tahun 2018 – 2020 hasil penelitian difokuskan pada produk terapan. Periode ketiga tahun 2020 – 2025 hasil penelitian difokuskan pada pengembangan produk unggulan berorientasi market.
Saat ini UMJ sudah pada tahapan ke tiga (2020-2025) yakni Mencapai UMJ yang Terkemuka, Modern dan Islami dengan berdaya saing Global. Upaya yang dilakukan UMJ dalam mencapai tahapan ini adalah dengan membentuk Pusat Unggulan Penelitian di Universitas Muhammadiyah Jakarta tertuang dalam SK Rektor Nomor 861 Tahun 2022 tentang Pembentukan Pusat Unggulan Penelitian di Lingkungan Universitas Muhammadiyah Jakarta. Adapun pusat-pusat unggulan penelitian di lingkungan Universitas Muhammadiyah Jakarta, yang terdiri dari;
- Pusat Unggulan Penelitian Bahan Alam;
- Pusat Unggulan Penelitian Individu Berkebutuhan Khusus;
- Pusat Unggulan Penelitian Urban Policy;
- Pusat Unggulan Penelitian Islam dan Pancasila.
Posisi keunggulan Penelitian UMJ diantaranya:
- Score Sinta 61 Nasional dari 5345 Perguruan tinggi dengan score 3 years 100.887 Klaster Utama, tahun 2022 mendapatkan pendanaan terbesar lima besar PTS terbaik di wilayah LLDIKTI Wilayah 3.
- Pusat Unggulan Bahan Alam UMJ telah mempunyai penelitian unggulan tingkat kompetitif nasional (pendanaan Kemdikbudristek dan BRIN RIIM PRN 2022/2023) dan internasional (Join riset dengan University Malaysia Pahang) dengan hasil prototype, HKI Merk granted Veravit dan implementasi bisnis dengan investor PT. Agriland Agro Sinergi dan CV. Madu Apiari Mutiara dengan pendanaan Matching Fund Kedaireka tahun 2023. Produk inovasi permen dan obat kumur propolis herbal merupakan salah satu unggulan yang didanai oleh matching fund kedai reka tahun 2023 dengan mitra CV. Madu Apiari Mutiara.
- Gematik (Gerobak Armada Listrik) merupakan salah satu Unggulan dalam mendukung UMKM Mr. Booth dengan pendanaan Matching Fund Kedaireka tahun 2023.
- Penguatan Kelembagaan dan Guru dalam Membangun Madrasah/Sekolah/Pesantren Merdeka dari Perundungan dan Kekerasan Seksual.
Dalam kancah percaturan penelitian dan pengabdian kepada masyarakat di tingkat nasional Universitas Muhammadiyah Jakarta dalam klasterisasi perguruan tinggi tahun 2023 berdasarkan Keputusan Direktur Riset, Teknologi, dan Pengabdian kepada Masyarakat Nomor 0241/E5/DT.06.01/2023 tanggal 28 Februari 2022 tentang Penetapan Klasterisasi Perguruan Tinggi berdasarkan Kinerja Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat Universitas Muhammadiyah Jakarta berada pada KLASTER UTAMA dengan Skor Sinta versi 3 untuk 3 (Yr) 100.887 dan Ranking Sinta 61 Nasional dari 5.435 Perguruan Tinggi se-Indonesia.